Diagnosen erytema migrans stilles på bakgrunn av hvordan utslettet ser ut og utvikler seg. Antistoffutviklingen er langsom, og kan være negativ når en søker lege. Og motsatt: mange har antistoffer fra tidligere – etter eksponering for borreliabakterier etter flåttbitt (uten nødvendigvis å ha blitt syke/hatt borreliainfeksjon), eller har antistoffer på grunn av tidligere erytema migrans. Derfor har ikke borrelia antistoffprøver noen plass i diagnostikken. Antistoffprøver kan forsinke og villede i forhold til riktig diagnostikk og behandling. Mistenkt erytema migrans på bakgrunn av sykdomsbildet anbefales alltid behandlet med antibiotika, selv om den det gjelder ikke husker/forteller en historie om flåttbitt. Senkningsreaksjon (SR) og hurtigsenkning (CRP) er vanligvis normale ved erytema migrans. Borrelia antistoffprøver har heller ikke noen plass i oppfølging av behandlingseffekt ved erytem migrans, eller ved oppfølging av andre typer borreliainfeksjoner.
Diagnostikken er basert på sykehistorie og klinikk/hudfunn. Det er ikke nødvendig å ta borrelia antistoff-blodprøver (jf. det over om erytema migrans). Dersom det er stor usikkerhet kan fastlegen ta en vevsprøve. Prøven kan testes ved hjelp av en metode som heter PCR (arvestoffpåsvisning). Vevsprøven bør tas fra et område hvor det er mest tydelige tegn på hudendring. Prøven legges på saltvann og kan sendes til avdeling for Medisinsk mikrobiologi ved Sørlandet sykehus (Kristiansand). Egen rekvisisjon trengs ikke, det holder med et journalnotat hvor legen opplyser om: eventuell kjent flåtteksponering, tid fra eventuelt flåttbitt til symptom, varighet av symptomer, eventuell behandling, og beskrivelse av funn ved klinisk undersøkelse.
For å stille diagnosen nevroborreliose sikkert, er det nødvendig både med blodprøve (antistofftest) og spinalpunksjon. Spinalpunksjon gjennomføres som oftest på sykehus uten at innleggelse er nødvendig. Ved nevroborreliose finner man nesten alltid antistoffer i både blod og i spinalvæske, men det kan ta 6-8 uker før det er produsert nok antistoffer til at vi kan påvise dem. I noen tilfeller, i tidlig sykdomsfase, kan man finne antistoffer i spinalvæske, men ikke i blod. Dette understreker viktigheten av å ta hensyn til det kliniske bildet og gjennomføre en spinalpunksjon før man stiller eller utelukker diagnosen nevroborreliose. Særlig i tidlig fase av sykdommen (de første 6-8 ukene) kan det være vanskelig å stille diagnosen sikkert. Antistoffverdiene må alltid vurderes sammen med andre tegn til betennelse i nervesystemet (nevrologiske symptomer og funn) og betennelsesforandringer i ryggmargsveska (blant annet forhøyet antall hvite blodceller). Dersom man har hatt symptomer i mer enn 8 uker og man ikke finner antistoffer verken i blod eller spinalvæske, er det svært lite sannsynlig at man har nevroborreliose.
Ved mistanke om borrelia artritt anbefales henvisning til revmatolog. Det er nødvendig med blodprøve (antistofftest). Det skal i tillegg tas en prøve fra leddvæsken som testes med en DNA-test (PCR). Dette er en direkte metode for å påvise borrelia-bakteriens genmateriale. Ved Lyme artritt finner man i tillegg nesten alltid høyt antall betennelsesceller i leddvæsken. Funn på prøvesvar må alltid vurderes sammen med sykehistorie (kjent flåttbitt, utslett etc.) og symptomer fra ledd. Vanligste borrelia artritt (rundt 90 % av tilfellene), er en knebetennelse med skikkelig hovent kne og moderate smerter. Borrelia artritt kan forekomme i andre vektbærende ledd enn kneledd.
Dersom det er mistanke om ACA, bør det i første omgang tas en blodprøve og testes for borrelia-spesifikke antistoffer. Pasienter med ACA har oftest høye antistoffverdier. Fastlege eller hudlege kan også ta en vevsprøve av utslettet (stansebiopsi), som testes for Borrelia-DNA ved hjelp av en metode som heter PCR (arvestoffpåvisning).
For å stille diagnosen er det nødvendig med blodprøve (antistofftest) og EKG undersøkelse. Det vanligste symptomet ved hjerteborreliose er hjerterytmeforstyrrelse som følge av blokkering av signaler mellom hjertets forkammer og hovedkammer, atrio-ventrikulært (AV) blokk. Diagnosen kan være vanskelig å stille, siden slike symptomer oftest skyldes andre, vanligere, hjertelidelser 1, 2. Pasienter med hjerteborreliose har gjerne samtidig Erytema migrans eller nevroborreliose.
Dersom TBE overføres ved et flåttbitt, settes det raskt i gang en immunreaksjon i kroppen. Noen ganger merker personen som er smittet ingenting (det oppdages kanskje senere ved en tilfeldig prøve at det har blitt dannet antistoffer). Mange som smittes får kun en asymptomatisk infeksjon (altså ingen symptomer). Andre ganger kan smitten gi influensalignende symptomer som varer opp mot en uke, så blir man frisk. Men hos noen utvikler TBE seg til en alvorlig sykdom, med hjerne- eller ryggmargs-betennelse, antistoffdannelse i blod og spinalvæske, og betennelsesceller i spinalvæsken.
I tidlig fase etter smitte finner man ikke alltid antistoffer i blodet. TBE virus-arvestoffet (DNA) kan påvises i tidlig fase ved PCR teknikk.
En ukes tid etter smitte vil IgM og IgG antistoffer mot TBE utvikle seg. PCR testen er da ikke positiv lenger, fordi den viremiske fasen – tiden viruset finnes i store mengder i blod og vev – er over.
Funn av TBE-antistoff i blod betyr ikke alltid sykdom. Antistoffene kan skyldes tidligere gjennomgått smitte, en kryssreaksjon med antistoffer fra andre arbovirus-infeksjoner, eller vaksiner (for eksempel gulfebervaksine). TBE-diagnostikk gjøres ved tre laboratorier i Norge: Sørlandet Sykehus i Kristiansand, Avdeling for virologi ved Folkehelseinstituttet og Sykehuset i Vestfold.