Borrelia kan av og til gi betennelse i ledd, såkalt borrelia artritt. De fleste pasientene blir kvitt borrelia artritten når de behandles med antibiotika, men ca. 10 % av borrelia artritt pasientene utvikler en annen type leddbetennelse, en ARLA (antibiotika-refraktær artritt), hvor det ikke lengre dreier seg om en bakterieinfeksjon, men en inflammasjon på grunn av over eller feilaktivering i immunsystemet. ARLA krever også en annen type behandling. Mekanismene bak dette har ikke vært helt forstått, men det ble nylig publisert en interessant artikkel hvor man har forsket på denne pasientgruppen.